Во времето на прогонството на светиот Јован Златоуст, главата на свети Јован Крстител беше пренесена во градот Емеса. Оттаму, во времето на нападот на Сарацените таа беше пренесена во градот Комане (каде што беше прогонет светиот Јован Златоуст) и во времето на иконоборството, во 8 век, таа беше сокриена во земја. Кога престана иконоборството, на патријархот Игнатиј за време на ноќна молитва му беше откриено, во видение, местото каде што е скриена чесната глава на светиот Јован Претеча. Патријархот му кажа за тоа на императорот Михаил, кој испрати луѓе во Комане, и ја најдоа, според видението на патријархот, во 850 година. Потоа чесната глава на Свети Јован беше пренесена во Цариград и положена во придворната царска црква, на 25 мај. Дел од чесната глава денес се наоѓа на Света Гора.